Python Workshop for Microbiology Data @pythonmicrobra1

A modelagem 3D de RNA é um processo que, apesar de ser bem pesquisado, requer a instalação de diversos pacotes e bibliotecas. Por isso, @MarcinMagnus criou o rna-tools.online, em #Python, uma plataforma web que facilita o uso pelo usuário. Leia: bit.ly/3R0psU0

Hoje @vhfsantos colocou no ar a lista dos 40 selecionados para a 5ª edição do Workshop de Python para Dados Biológicos. Confiram aqui: wpdb2022.netlify.app/participantes/ #Python #Biociências #Programação #Workshop #Educação

18 materiais gratuitos e em português para aprender Python:

MatteoPalù et al. (2022) desenvolveram o KEMET, uma ferramenta implementada em #Python com objetivo de avaliar módulos KEGG e expandir a anotação de genomas microbianos por buscas direcionadas com sequências ortólogas.

A utilização de #MachineLearning em #Python se tornou muito importante e muitos usam suas ferramentas para solucionar problemas. @miguelprocha et al. criaram o ProPythia, um pacote focado na manipulação e classificação de proteínas. bit.ly/3O3pbyI

Manish Goel e Korbinian Schneeberger desenvolveram o plotsr uma ferramenta implementada em #Python via #CLI, que permite a visualização de forma simples e flexível de semelhanças estruturais e grandes rearranjos entre múltiplos #genomas. Veja mais: bit.ly/3sA5NR5

👉 Workshop gratuito idealizado pelo biólogo Renato Corrêa (@CorreaSantosRA), membro da RedeComCiência, ensina linguagem de programação para biocientistas. 🗒 Leia mais sobre o projeto @BrazilPythonWS no nosso site: redecomciencia.org/post/workshop-… #AçõesDaNossaComunidade #Python

A construção de arquiteturas 3D de RNA podem ser representadas por grafos, permitindo usar sua teoria e trabalhar com #MachineLearning. Para facilitar seu uso, Mallet et al. criaram com #Python um pacote que facilita a análise e visualização de RNAs. bit.ly/38ApVvn

Pesquisadores associados à @EdinburghUni desenvolveram o PyGNA, #API em #Python, com o qual é possível reunir análises estatísticas em redes biológicas e conjuntos de genes, determinando a interação entre eles. Disponível em bit.ly/3NAO8kU

O grupo @KlingmuellerG elaborou o pacote #MSPypeline em #Python. Esse conjunto de ferramentas auxilia os usuários na análise de dados #proteômicos, fornecendo um processamento abrangente e conclusivo em minutos. Disponível em bit.ly/368VlI2

Este ano, estamos dando início à organização do I Workshop de Python para Dados de Biologia Vegetal. Buscamos colaboradores que tenham interesse em contribuir no preparo de material ou ministrando aulas, ou então como monitores. Além, claro, das demais atividades administrativas.

ExTaxsI consiste em uma ferramenta de #bioinformática de código aberto implementada em #Python, desenvolvida por @agostinetto_g et. al (2022). facilita a integração e a exploração de informações moleculares e de dados taxonômicos. bit.ly/3MAMU98

Todas as quartas-feiras às 11h30 fazemos um code club de programação em #Julia, aplicando em exemplos biológicos. Hoje, trabalhamos com a análise de frequência de nucleotídeos (A,C,T,G) em sequência de DNA (preparado pelo mestrando Pedro Ilídio e com colaboração do @eliascarvdev)

O grupo do @Pdorrestein1 elaborou a ferramenta #NPOmix. Utilizando o aprendizado de máquina, com scripts em #python e #sklearn, para encontrar novos produtos naturais em dados ômicos. Disponível em bit.ly/3Jatq8E

@GuillemSalazar et al. desenvolveram uma ferramenta em #Python chamada mTAGs, que consiste em um perfilador taxonômico para #metagenomas. Ele classifica as sequências a partir do consenso degenerado das referências de genes de RNA ribossômico. bit.ly/3ubFP81

A desregulação do processo de #splicing está relacionada com várias doenças. Costa et al desenvolveram a #SPLICEq, uma ferramenta em #Python que aplica níveis de restrição e quantifica a eficiência do splicing a partir de dados do RNA-seq. bit.ly/3dS0ULk @BMCBioinfo

Saíram os Anais do I Workshop de Python para Dados de Microbiologia! Obrigado, @unicampoficial @SBMicrobiologia @varsomics

Renato A. C. Santos @CorreaSantosRA

4 years ago

Saíram os Anais do I Workshop de Python para Dados de Microbiologia! Obrigado, @unicampoficial @SBMicrobiologia @varsomics

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Excited that I have been selected to be an @eLifeCommunity Ambassador! I'm willing help improve how #science is conducted in #SouthAmerica, with focus on #OpenScience! Thanks to @diegoriano @furlan_monique @rgaiacs @luisaviegas, and the @BrazilPythonWS community in #Brazil !!

Our paper on teaching #programming to bioscientists is out in @PLOSCompBiol We describe our experience and insights for running the online edition of the @BrazilPythonWS in 2020. I hope this paper inspire and guide future training #Python3 #coding #education #Bioinformatics

Brazilian Python Workshop for Biological Data @BrazilPythonWS

4 years ago

Our paper on teaching #programming to bioscientists is out in @PLOSCompBiol We describe our experience and insights for running the online edition of the @BrazilPythonWS in 2020. I hope this paper inspire and guide future training #Python3 #coding #education #Bioinformatics

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@ebolyen, @gregcaporaso et al organizaram workshops para ensinar ferramentas de bioinformática aplicadas em análises de microbioma. Assim como @BrazilPythonWS, os dois últimos eventos foram realizados virtualmente devido à pandemia de COVID-19 bit.ly/3wggw3B